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菏泽牡丹工业园区于2001年底开始规划建设,2006年3月被省政府批准为省级经济技术开发区,2008年1月被省政府列为省级高新技术产业开发区,此后相继被批准为第一批省级生物高技术产业基地,省级可持续发展实验区,山东省知识产权园区,山东省优质中成药及抗生素药品生产基地,山东省创新药物(菏泽)孵化基地,省级战略性新兴产业(生物医药)示范基地,山东省新型工业化(生物医药产业)示范基地和国家第一批10个知识产权集群化管理试点区之一。